При низких концентрациях и определенных условиях белки мало влияют на разделение. Однако при высоких концентрациях в пробе белки могут маскировать поглощение исследуемых соединений; влиять на подвижность небольших ионов, связываясь с ними; изменять вязкость пробы. Наиболее серьезное влияние белков — изменение характеристик стенок капилляров. Катионные белки имеют тенденцию адсорбироваться на немодифицированных стенках капилляра, преимущественно на стороне ввода, изменяя потенциал Z, что в свою очередь влияет на электроосмотическое течение (иео):
Изменения в электроосмотическом течении (ЭОТ) по длине капилляра вызывают расширение и ухудшение симметрии пиков [4]. Если 2 % длины капилляра покрыты адсорбированными белками, эффективность разделения в капилляре снижается на 50 % [4]. Поскольку адсорбция белков — это постоянный процесс, сопровождающий каждый цикл разделения, она сильно влияет на воспроизводимость анализа. Это влияние может быть сведено к минимуму путем тщательного промывания капилляра после каждой пробы, использования капилляров с покрытием или применения метода МЭКХ. В последнем случае поверхностно-активное вещество (ПАВ), например додецилсульфат натрия (ДСН), помогает солюбилизировать белки.