а. Белки. Пробы из биологических источников часто содержат белки. При условии хорошего промывания раствором едкого натра после каждого анализа малые концентрации белка в пробе не влияют на относительное среднеквадратическое отклонение (ОСО) времени миграции или высоты пика.
б. Ионная сила. При отсутствии ионов в пробе ОСО сравнительно велико. Растворение пробы в буфере с низкой концентрацией или в растворе хлористого натрия низкой концентрации улучшает ОСО. Однако избыточная концентрация NaCl (солей) в пробе повышает ОСО, вероятно, из-за повышения тока.
в. Объем пробы. Размер пробы в ВЭКЭ чрезвычайно мал, обычно около 1-10 нл. Если время (или объем) инжекции слишком мало, это может снизить точность. Сам механизм инжекции в приборе может ограничить общую точность анализа [22], особенно в отношении высоты или площади пиков. С другой стороны, слишком большой объем пробы также приводит к снижению точности. В этом случае имеет место передозировка пробы, вызывающая ухудшение точности и формы пиков. Объем пробы больше влияет на высоту пиков, чем на время миграции [85].
Большая концентрация сывороточных белков в пробе, особенно без тщательного промывания капилляра, может влиять на воспроизводимость значений времени миграции и высоты пиков [85].