Эффективность использования КЭ при анализе пептидов и белков была продемонстрирована в ряде обзоров [150-152]. Для разделения белков полезно использовать капиллярное изоэлектрическое фокусирование (КИЭФ) [150]. Для предотвращения адсорбции белков при разделении использовались различные покрытия стенок капилляров с помощью ПАА, ПЭГ, ПЭО и т. д. Большинство из них выпускаются в промышленном масштабе. Недавно разработано устойчивое покрытие капилляров с использованием нескольких последовательно наносимых слоев ионных полимеров полибрена и сульфата декстрана [153, 154]. Примером использования КЭ в этой области является определение чистоты пептидных лекарств, например инсулина [155], человеческого гормона роста [156], брадикинина [88], бусереминацетата [157] и т. д. В этой области КЭ имеет значительные преимущества перед ВЭЖХ или гель-электрофорезом в блоке с точки зрения возможности автоматизации процесса.