Назначение собирающей оптики — селектора длин волн и детектора — собрать и зарегистрировать максимально возможное количество излучения при максимальном распознавании источников фона. Наиболее распространенной собирающей оптикой являются волоконная оптика и объективы микроскопов. Селекция длин волн выполняется с помощью ряда фильтров. Объектив микроскопа фокусирует часть света от маленького пятна и обеспечивает наиболее низкие пределы детектирования (рис. 3.5, в). Можно собрать около 50 % света, излученного капилляром, если использовать объектив с максимальной числовой апертурой. Однако большинство объективов собирают значительно меньшую часть света. Описана простая система детектирования флуоресценции для КЭ с использованием объектива микроскопа с пределом детектирования для флуоресцеина 3 пМ [63]. Фильтр длины волны должен пропускать значительную часть флуоресцентного излучения и задерживать максимально возможную долю рэлеевского и комбинационного излучений. Помимо фильтрации длины волны важна пространственная фильтрация. Пространственный фильтр представляет собой диафрагму, помещенную в плоскости изображения объектива. Размер отверстия в диафрагме должен быть чуть меньше размера светового изображения капилляра, сформированного объективом. Такой пространственный фильтр повышает качество детектирования, т. к. только свет от водной люминесцирующей среды в капилляре проходит через фильтр. Если вместо фильтра длины волны используется спектрометр, щель спектрометра может быть соответствующим образом отъюстирована относительно изображения капилляра. Если ширина щели чуть-чуть меньше размера светового изображения капилляра, получается автоматический пространственный фильтр